Estrutura Organizativa

Vivemos em um país com proporções de continentes e, para nos organizarmos de maneira a atuar conjuntamente em todo o Brasil, precisamos dividir as tarefas. Assim, a ABEEF está dividida em instâncias, que são um conjunto de tarefas que devem ser desenvolvidas por grupos. Assim, a cada ano, um  grupo de uma escola diferente, onde haja a organização da ABEEF, assume uma instância. 
As instâncias são:
Coordenação Nacional (CN): tem por função principal acompanhar os trabalhos dos grupos da ABEEF e fomentar a sua formação em escolas que não possuem grupos a nível nacional.
Coordenações Regionais (CR): tem por função principal acompanhar os trabalhos dos grupos da ABEEF e fomentar a sua formação em escolas que não possuem grupos a nível regional. As regionais nas quais a ABEEF está dividida são: Araucária (Sul), Mata Atlântica (Sudeste), Cerrado (Centro-oeste), Caatinga (Nordeste) e Amazônia (Norte).
Comissão Organizadora do CBEEF: essa instância é assumida pelo grupo da escola que sediará o CBEEF. É a responsável pela viabilização da estrutura física (plenária, alojamento, alimentação, etc), palestrantes e arrecadação de fundos para o congresso.
Núcleo de Trabalho em Agroecoloia (NTA): é responsável pelo desenvolvimento de discussões, cartilhas,  cursos, etc sobre Agroecologia na ABEEF. 
Núcleo de Conjuntura Política (NCP): é responsável por inteirar-se da conjuntura política (resumidamente, de quais são os principais fatos políticos e ambientais da atualidade e quais são as suas possíveis causas e consequências) e trazer fomentos para debates na Associação.
Núcleo de Arquivo Histórico (NAH): única instância que não muda de escola, ao NAH cabe recolher, organizar e armazenar todos os tipos de documentação (cartazes, fotografias, atas, etc) que façam parte da História da ABEEF.

Regional Araucária

A Regional Araucária é composta por 13 escolas, como são chamadas as universidades com cursos de Engenharia Florestal. São elas: São Gabriel (RS), Santa Maria (RS), Frederico Westphallen (RS), Lages (SC), Canoninhas (SC), Blumenau (SC), Curitibanos (SC), Xanxerê (SC), Irati (PR), Dois Vizinhos (PR), Curitiba (PR), São José dos Pinhais (PR) e Jaguariaíva (PR).